Shin Megami Tensei V: Vengeance consta de dos sendas argumentales independientes: experimenta una ruta totalmente nueva, el "Canon de la venganza", una dramática epopeya de ajuste de cuentas por parte de los caídos, centrada en nuevos personajes y una enigmática cohorte de demonios, los qadištu, quienes urden sus oscuros designios al margen de la guerra entre los defensores del orden y aquellos que intentan desafiarlo. O explora la historia original narrada en Shin Megami Tensei V, el "Canon de la Creación": un conflicto eterno entre ángeles y demonios, en el que el protagonista lucha por el destino del mundo.
Cuando la espeluznante escena de un asesinato en el Tokio actual bloquea el camino a casa de nuestro protagonista, un desvío imprevisto acaba dejándolo enterrado e inconsciente. Se despierta en un páramo arrasado por el apocalipsis que otrora fue Tokio, ahora llamado Da'at... pero antes de que los sanguinarios demonios que lo pueblan puedan acabar con su vida, aparece un salvador y ambos se unen para convertirse en un poderoso ser, ni humano ni demonio: un Nahobino.
Con su recién descubierto poder, el protagonista se aventura a través de Da'at, un enigmático mundo lleno de deidades mitológicas y tiranos demoníacos enfrentados en un constante conflicto por la supervivencia. En busca de respuestas, deberá forjar su propio camino en una batalla entre ángeles y demonios por sentenciar el destino del mundo.
